국무회의의 심의를 거친 부가가치세법 시행령 일부개정령을 이에 공포한다.
          대통령권한대행 국무총리        황교안 (인)
    2017년 2월 7일
          국무총리        황교안
          국무위원 기획재정부 장관        유일호

⊙대통령령 제27838호
부가가치세법 시행령 일부개정령

부가가치세법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.

제20조에 제3호를 다음과 같이 신설한다.
  3. 제61조제1항제9호나목에 따른 자기적립마일리지등으로만 전부를 결제받고 공급하는 재화

제33조제2항제1호 각 목 외의 부분 본문 중 "비거주자"를 "비거주자(국내에 거소를 둔 개인, 법 제24조제1항제1호에 따른 외교공관등의 소속 직원, 우리나라에 상주하는 국제연합군 또는 미합중국군대의 군인 또는 군무원은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)"로 하고, 같은 호 사목을 다음과 같이 한다.
    사. 상품 중개업

제46조제1호를 다음과 같이 한다.
  1. 「우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 제공하는 다음 각 목의 용역
    가. 「우편법」 제1조의2제3호의 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역
    나. 「우편법」 제15조제1항에 따른 선택적 우편역무 중 기획재정부령으로 정하는 우편주문판매를 대행하는 용역

제51조제1호 중 "서울대학교병원과 「국립대학병원 설치법」에 따라 설립된 국립대학병원"을 "서울대학교병원, 「국립대학병원 설치법」에 따라 설립된 국립대학병원, 「서울대학교치과병원 설치법」에 따라 설립된 서울대학교치과병원 및 「국립대학치과병원 설치법」에 따라 설립된 국립대학치과병원"으로 한다.

제61조제1항에 제9호 및 제10호를 각각 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제4항을 삭제한다.
  9. 재화 또는 용역의 구입실적에 따라 마일리지, 포인트 또는 그 밖에 이와 유사한 형태로 별도의 대가 없이 적립받은 후 다른 재화 또는 용역 구입 시 결제수단으로 사용할 수 있는 것과 재화 또는 용역의 구입실적에 따라 별도의 대가 없이 교부받으며 전산시스템 등을 통하여 그 밖의 상품권과 구분 관리되는 상품권(이하 이 항에서 "마일리지등"이라 한다)으로 대금의 전부 또는 일부를 결제받은 경우(제10호에 해당하는 경우는 제외한다): 다음 각 목의 금액을 합한 금액
    가. 마일리지등 외의 수단으로 결제받은 금액
    나. 자기적립마일리지등[당초 재화 또는 용역을 공급하고 마일리지등을 적립(다른 사업자를 통하여 적립하여 준 경우를 포함한다)하여 준 사업자에게 사용한 마일리지등(여러 사업자가 적립하여 줄 수 있거나 여러 사업자를 대상으로 사용할 수 있는 마일리지등의 경우 다음의 요건을 모두 충족한 경우로 한정한다)을 말한다. 이하 이 항에서 같다] 외의 마일리지등으로 결제받은 부분에 대하여 재화 또는 용역을 공급받는 자 외의 자로부터 보전(補塡)받았거나 보전받을 금액
      1) 고객별·사업자별로 마일리지등의 적립 및 사용 실적을 구분하여 관리하는 등의 방법으로 당초 공급자와 이후 공급자가 같다는 사실이 확인될 것
      2) 사업자가 마일리지등으로 결제받은 부분에 대하여 재화 또는 용역을 공급받는 자 외의 자로부터 보전받지 아니할 것
  10. 자기적립마일리지등 외의 마일리지등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제받은 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 공급한 재화 또는 용역의 시가(제62조에 따른 금액을 말한다)
    가. 제9호나목에 따른 금액을 보전받지 아니하고 법 제10조제1항에 따른 자기생산·취득재화를 공급한 경우
    나. 제9호나목과 관련하여 특수관계인으로부터 부당하게 낮은 금액을 보전받거나 아무런 금액을 받지 아니하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우

제71조의2를 다음과 같이 신설한다.
제71조의2(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등) ① 법 제34조의2제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 법 제32조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(법 제61조제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 제73조제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.
  ② 법 제34조의2제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 3개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.
  ③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.
  ④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할 세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.
  ⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신청인 관할 세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.
  1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우
  2. 신청서의 내용으로 보아 거래 당시 미등록사업자 또는 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우
  ⑥ 신청인 관할 세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실확인신청서가 제출된 날(제4항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.
  ⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.
  ⑧ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.
  1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지
  2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지
  ⑨ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.
  ⑩ 제9항에 따라 신청인 관할 세무서장으로부터 제8항제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 
  ⑪ 제10항에도 불구하고 신청인 및 공급자가 관할 세무서장으로부터 제8항제1호의 통지를 받은 때에는 신청인이 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부한 것으로 본다.
  ⑫ 제10항 또는 제11항에 따라 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부하였거나 교부한 것으로 보는 경우 신청인은 법 제48조에 따른 예정신고, 법 제49조에 따른 확정신고 또는 「국세기본법」 제45조의2제1항에 따른 경정청구를 할 때 기획재정부령으로 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우에는 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 법 제37조, 제38조 및 제63조제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

제72조제4항에 제1호, 제4호 및 제5호를 각각 다음과 같이 신설한다.
  1. 「관세법」 제9조제2항에 따라 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부한 경우로서 같은 항에 따른 수입신고가 수리되기 전에 해당 세액에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우
  4. 「관세법」 제37조에 따른 사전심사에 따라 통보된 과세가격 결정방법을 적용하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우
  5. 「관세법」 제38조제2항 단서에 따라 수입신고를 수리하기 전에 세액을 심사하는 물품에 대하여 감면대상 및 감면율을 잘못 적용한 경우

제84조제2항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 후단 중 "2016년 12월 31일"을 각각 "2018년 12월 31일"로 한다.

제91조의2제1항 각 호 외의 부분 중 "중소사업자"를 각각 "중소·중견사업자"로 하고, 같은 항 제1호 중 "중소기업(같은 조 제1항에 따른 제조업을 주된 사업으로 경영하는 기업에 한정한다)에 해당하는 법인"을 "중소기업 또는 같은 영 제10조제1항에 따른 중견기업에 해당하는 법인(「조세특례제한법」 제6조제3항제2호에 따른 제조업을 주된 사업으로 경영하는 기업에 한정한다)"으로 하며, 같은 항 제2호 각 목 외의 부분 중 "다음 각 목의 어느 하나에"를 "다음 각 목에"로 하고, 같은 호 가목 및 나목을 각각 다음과 같이 한다.
    가. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 30퍼센트 이상이거나 수출액이 100억원 이상일 것
    나. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제10조제1항에 따른 중견기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 50퍼센트 이상일 것

제91조의2제2항 본문, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 같은 조 제4항, 제5항, 제7항, 제9항, 같은 조 제10항 각 호 외의 부분, 같은 항 제1호부터 제3호까지, 같은 조 제11항 및 제12항 중 "중소사업자"를 각각 "중소·중견사업자"로 한다.

제107조제3항 각 호 외의 부분 단서 중 "건물 등 감가상각자산 취득명세서를"을 "건물 등 감가상각자산 취득명세서를, 같은 항 제3호에 해당하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 재무구조개선계획서를 각각"으로 하고, 같은 조 제5항 각 호 외의 부분 단서 중 "법 제59조제2항제2호"를 "법 제59조제2항제2호 또는 제3호"로, "건물 등 감가상각자산 취득명세서"를 "건물 등 감가상각자산 취득명세서 또는 재무구조개선계획서"로 하며, 같은 조에 제7항을 다음과 같이 신설한다.
  ⑦ 법 제59조제2항제3호에서 "대통령령으로 정하는 재무구조개선계획을 이행 중인 경우"란 조기환급기간, 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 현재 「조세특례제한법 시행령」 제34조제7항에 따른 재무구조개선계획승인권자가 승인한 같은 조 제6항제1호, 제2호 또는 제4호에 따른 계획을 이행 중인 경우를 말한다.

제108조제1항 단서 중 "사업자의 배우자 및"을 "다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자와"로 하고, 같은 항에 각 호를 다음과 같이 신설한다.
  1. 사업자의 배우자
  2. 「상속세 및 증여세법」 제2조제1호에 따른 상속으로 인하여 피상속인이 경영하던 사업이 승계되는 경우 그 피상속인(같은 조 제2호에 따른 상속개시일부터 같은 법 제67조에 따른 상속세 과세표준 신고기한까지의 기간 동안 상속인이 피상속인 명의의 사업자등록을 활용하여 사업을 하는 경우로 한정한다)

          부칙
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제20조제3호, 제61조제1항제9호·제10호 및 같은 조 제4항의 개정규정은 2017년 4월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(수정수입세금계산서에 관한 적용례) 제72조제4항의 개정규정은 이 영 시행 이후 수정신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다.
제4조(가산세에 관한 적용례) 제108조제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다.

					

						[일부개정]
◇ 개정이유
  중견사업자의 수출을 지원하기 위하여 수입 부가가치세 납부유예 제도의 적용 대상을 일정한 요건을 갖춘 중견사업자까지 확대하는 등의 내용으로 「부가가치세법」이 개정됨에 따라 수입 부가가치세 납부유예 제도를 적용하기 위한 중견사업자의 범위를 규정하는 한편,
  대법원 판례 등을 고려하여 마일리지 또는 상품권으로 결제받은 금액에 대한 부가가치세 과세방법을 보완하고, 영세율이 적용되는 외화 획득 용역의 범위를 조정하며, 매입자발행세금계산서의 발급신청기한을 연장하고, 수정수입세금계산서의 발급사유를 확대하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용
  가. 영세율이 적용되는 외화 획득 용역 범위 조정(제33조제2항제1호)
    영세율을 적용하는 외화 획득 용역을 지원하고 업종 간 과세형평을 도모하기 위하여 국내에서 비거주자ㆍ외국법인에 용역을 공급할 때 영세율이 적용되는 사업을 상품종합중개업에서 그 상위 사업인 상품 중개업으로 확대함.

  나. 우편주문판매대행 용역 과세 전환(제46조제1호)
    민간 사업자와의 과세형평을 도모하기 위하여 민간과 경쟁관계에 있는 우정사업조직의 우편주문판매를 대행하는 용역을 종전의 면세대상에서 과세대상으로 전환함.

  다. 마일리지ㆍ상품권 결제금액에 대한 과세방법의 보완(제61조제1항제9호 및 제10호 신설)
    1) 마일리지 또는 상품권 등의 결제금액에 대한 과세체계를 보다 합리적으로 운영하기 위하여 당초 재화ㆍ용역을 공급하고 마일리지를 적립하여 주거나 상품권 등을 교부한 사업자에게 사용한 마일리지 또는 상품권 등으로 결제받은 금액은 공급가액의 범위에서 제외함.
    2) 마일리지 또는 상품권 등으로 결제받은 부분으로서 사업자가 실제 보전(補塡)을 받았거나 보전받을 금액은 원칙적으로 공급가액의 범위에 포함하도록 마일리지 또는 상품권 등의 결제와 관련된 부가가치세 과세표준을 보완함.

  라. 매입자발행세금계산서 제도 규정의 이관 및 거래확인 신청 기한 연장(제71조의2 신설)
    1) 공급자가 재화ㆍ용역의 공급시기에 세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 매입자가 세무서의 거래사실 확인을 통하여 세금계산서를 발행할 수 있는 제도인 매입자발행세금계산서 관련 규정이 「조세특례제한법」에서 이관됨에 따라 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있는 사업자의 범위, 거래건당 공급대가 및 매입자발행세금계산서 공제절차 등을 「조세특례제한법 시행령」에서 이관하여 규정함.
    2) 매입자의 납세 편의를 제고하기 위하여 재화 또는 용역의 공급시기부터 3개월 이내이던 거래확인신청서의 발급신청 기한을 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 3개월 이내로 연장함.

  마. 수정수입세금계산서 발급사유 확대(제72조제4항)
    납세자 권익 보호를 위하여 과세가격 사전심사 결과에 따라 수정신고하거나 직권으로 경정하는 경우 등 납세자의 귀책사유가 경미한 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하도록 함.

  바. 농수산물 의제매입세액공제 우대한도 적용기한 연장(제84조제2항 및 제3항)
    음식점업자 등 사업자 경영안정을 지원하기 위하여 농수산물 의제매입세액공제 우대한도의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2018년 12월 31일까지로 2년간 연장함.

  사. 수입 부가가치세 납부유예 제도 대상 확대(제91의2제1항제1호 및 제2호)
    수출기업의 자금부담을 완화하기 위하여 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 30퍼센트 이상이거나 수출액 100억원 이상인 중소사업자에 대해서만 적용하던 수입 부가가치세 납부유예 제도를 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 50퍼센트 이상인 중견사업자에 대해서도 적용함.

  아. 부가가치세 조기환급 대상 확대(제107조제3항 및 제5항, 제107조제7항 신설)
    경영난에 처한 사업자의 경영 정상화를 유도하기 위하여 부가가치세 조기환급 대상 사업자의 범위에 법원의 인가 결정을 받은 회생계획 또는 기업개선계획의 이행을 위한 약정 등을 이행 중인 사업자를 추가함.

  자. 상속 시 타인명의 등록 가산세 유예기간 규정(제108조제1항)
    피상속인이 사망한 경우 원활한 사업 승계를 지원하기 위하여 상속개시일부터 상속세 신고기한까지는 상속인이 피상속인의 명의로 사업을 한 경우라도 타인 명의 사업자등록 가산세를 부과하지 아니하도록 보완함.
<법제처 제공>