국회에서 의결된 조세특례제한법 일부개정법률을 이에 공포한다.
          대통령        이명박 (인)
    2011년 5월 19일
          국무총리        김황식
          국무위원 기획재정부 장관        윤증현

⊙법률 제10631호
조세특례제한법 일부개정법률

조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.

제38조제3항 중 “대통령령으로 정하는”을 “법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는”으로 한다.

제87조의6을 다음과 같이 신설한다.
제87조의6(부동산집합투자기구등 집합투자증권의 배당소득에 대한 과세특례) ① 거주자가 대통령령으로 정하는 임대주택에 자산총액 중 대통령령으로 정하는 비율 이상을 투자하는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 부동산집합투자기구 또는 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사(이하 이 조에서 “부동산집합투자기구등”이라 한다)로부터 2014년 12월 31일 이전에 받는 부동산집합투자기구등별 액면가액 합계액 1억원 이하 보유주식 또는 수익증권(이하 이 조에서 “집합투자증권”이라 한다)의 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 5의 세율을 적용한다. 이 경우 집합투자증권(액면가액 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 집합투자증권을 포함한다)의 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다.
  ② 부동산집합투자기구등의 집합투자증권이 투자매매업자 또는 투자중개업자에게 예탁된 경우 부동산집합투자기구등은 그 배당소득을 지급하기로 결정한 후 즉시 제1항에 따른 집합투자증권보유자별ㆍ투자매매업자별ㆍ투자중개업자별 분리과세대상소득의 명세를 직접 또는 한국예탁결제원을 통하여 집합투자증권 보유자가 위탁매매하는 투자매매업자 또는 투자중개업자에게 통지하여야 하며, 통지받은 투자매매업자 또는 투자중개업자는 통지받은 내용에 따라 원천징수하여야 한다.
  ③ 부동산집합투자기구등의 집합투자증권이 투자매매업자 또는 투자중개업자에게 예탁되어 있지 아니한 경우에는 그 부동산집합투자기구등은 직접 또는 그 부동산집합투자기구등의 명의개서대행기관을 통하여 집합투자증권 보유자별로 분리과세대상소득을 구분하여 원천징수하여야 한다.
  ④ 제2항과 제3항에 따른 원천징수의무자가 직접 부동산집합투자기구등의 배당소득을 지급할 경우에는 그 배당소득을 지급하는 날이 속하는 분기의 종료일의 다음 달 말일까지 기획재정부령으로 정하는 부동산집합투자기구등 배당소득분리과세명세서를 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

제98조의6을 다음과 같이 신설한다.
제98조의6(준공후미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자(이하 이 조에서 “비거주자”라 한다)가  다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면(제1호의 요건을 갖춘 주택에 한정한다)하고, 그 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
  1. 「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 조에서 “사업주체등”이라 한다)가 대통령령으로 정하는 준공후미분양주택(이하 이 조에서 “준공후미분양주택”이라 한다)을 2011년 12월 31일까지 임대계약을 체결하여 2년 이상 임대한 주택으로서 거주자 또는 비거주자가 해당 사업주체등과 최초로 매매계약을 체결하고 취득한 주택
  2. 거주자 또는 비거주자가 준공후미분양주택을 사업주체등과 최초로 매매계약을 체결하여 취득하고 5년 이상 임대한 주택(거주자 또는 비거주자가 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 2011년 12월 31일 이전에 임대계약을 체결한 경우에 한정한다)
  ② 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 제104조제1항제4호부터 제7호까지의 규정을 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
  ③ 제1항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「소득세법」 제95조제2항 및 제104조제1항제2호부터 제7호까지의 규정에도 불구하고 장기보유 특별공제액 및 세율은 다음 각 호를 적용한다.
  1. 장기보유 특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표 1(같은 항 단서에 해당하는 경우에는 표 2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액
  2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율
  ④ 제1항을 적용할 때 양도소득금액의 계산, 준공후미분양주택ㆍ임대기간의 확인절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제106조의2제2항 중 “제1항제1호”를 “제1항 각 호의 어느 하나”로 한다.

제119조제1항제6호 중 “제38조의2에”를 “제38조 또는 제38조의2에”로 하고, 같은 조 제3항 중 “제51조의2제1항제6호”를 “제51조의2제1항제9호”로 한다.

제120조제1항 및 제4항 각 호 외의 부분에 후단을 각각 다음과 같이 신설한다.
  이 경우 「지방세법」 제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

제122조의3제1항 전단 중 “갖춘 자”를 “갖춘 자 또는 「소득세법」 제70조의2제1항에 따른 성실신고확인대상사업자로서 성실신고확인서를 제출한 자”로 한다.

제6장제1절에 제126조의6을 다음과 같이 신설한다.
제126조의6(성실신고 확인비용에 대한 세액공제) ① 「소득세법」 제70조의2제1항 따른 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 성실신고 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60에 해당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다)에서 공제한다. 다만, 공제세액의 한도는 100만원의 범위에서 대통령령으로 정한다.
  ② 제1항을 적용받은 사업자가 해당 과세연도의 사업소득금액을 과소 신고한 경우로서 그 과소 신고한 사업소득금액이 경정(수정신고로 인한 경우를 포함한다)된 사업소득금액의 100분의 10 이상인 경우에는 제1항에 따라 공제받은 금액에 상당하는 세액을 전액 추징한다.
  ③ 제2항에 따라 세액이 추징된 사업자에 대하여는 추징일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 하지 아니한다.
  ④ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

법률 제10406호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제56조제1항을 다음과 같이 한다.
① 이 법 시행 전에 이루어진 현물출자 또는 자기주식교환에 대하여는 제38조의2제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르고, 2010년 12월 31일 현재 「금융지주회사법」 제3조에 따라 금융지주회사 설립을 위한 인가를 신청한 경우에는 제38조제1항제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 것으로 보며 같은 조 제2항제2호를 적용하지 아니한다.

          부칙
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제122조의3제1항 및 제126조의6의 개정규정은 2011년 8월 3일부터 시행한다.
제2조(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 주식의 포괄적 교환ㆍ이전을 하는 분부터 적용한다.
제3조(부동산집합투자기구등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의6의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 지급받는 분부터 적용한다. 
제4조(준공후미분양주택에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제98조의6의 개정규정은 2011년 3월 29일 현재 준공후미분양주택에 해당되는 주택을 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제5조(농업ㆍ임업ㆍ어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세등의 감면에 관한 적용례) 제106조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 최초로 공급받거나 수입 신고하는 분부터 적용한다.
제6조(등록면허세의 면제에 관한 적용례) 제119조제1항제6호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 등기하는 분부터 적용한다.
제7조(취득세의 면제 등에 대한 적용례) 제120조제1항 및 제4항의 개정규정은 2011년 1월 1일 이후 최초로 취득한 분부터 적용한다.
제8조(성실사업자에 대한 의료비 등 공제에 관한 적용례) 제122조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분에 대한 과세표준을 확정신고하는 분부터 적용한다.
제9조(성실신고 확인비용에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제126조의6의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분에 대한 성실신고확인서를 제출하는 분부터 적용한다.

					

						[일부개정]
◇ 개정이유
  주식의 포괄적 교환ㆍ이전을 통한 금융지주회사 설립에 대한 과세특례 요건을 완화하고, 임대주택에 투자하는 부동산집합투자기구 등으로부터 받는 배당소득에 대해 저율 분리과세를 실시하는 한편, 미분양주택을 임대주택으로 활용할 경우 양도소득세 과세특례를 적용하고, 면세유 공급을 위해 부담한 부가가치세 매입세액을 환급하며, 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 신설하려는 것임.
◇ 주요내용
  가. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례에 있어 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우에는 주식을 보유하는 것으로 보아 과세특례를 부여함(안 제38조제3항).
  나. 거주자가 부동산집합투자기구 등에 투자함으로써 받는 배당소득에 대해 액면가액 1억원 이하 보유주식 또는 수익증권의 배당소득에 대해서는 5% 세율로 저율 분리과세하고, 1억원 초과 보유주식 또는 수익증권의 배당소득에 대해서는 14% 세율로 분리과세함(안 제87조의6 신설).
  다. 준공 후 미분양주택을 사업주체가 2011년 12월 31일까지 임대계약을 체결하여 2년 이상 임대한 후 매각하는 경우 그 취득자와 2011년 12월 31일까지 준공 후 미분양 주택을 취득하여 5년 이상 임대하는 자의 경우 해당 준공 후 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제함(안 제98조의6 신설).
  라. 연안여객선박용 면세유를 유류세 환급 대상에 추가함(안 제106조의2제2항).
  마. 금융지주회사가 제38조에 따라 주식 교환ㆍ이전을 함으로써 등기하는 경우 그 출자에 관한 등기에 대하여도 등록면허세를 면제함(안 제119조제1항제6호).
  바. 성실신고 확인의무 이행사업자에 대해 의료비ㆍ교육비를 해당 사업연도의 사업소득에서 공제함(안 제122조의3제1항).
  사. 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우 성실신고 확인비용의 60%에 해당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세에서 공제하되, 그 한도는 100만원의 범위에서 대통령령으로 정함(안 제126조의6 신설).