【판시사항】

[1] 구 법인세법령상 물적분할에 대한 과세이연 규정의 취지 및 위 규정이 적용되기 위한 요건
[2] 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 비용인 자본적 지출에 관련된 부가가치세 매입세액이 매출세액에서 공제되는지 여부(소극)

【판결요지】

[1] 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득하는 경우로서 일정한 법령상 요건을 충족한 때에는 분할법인의 자산양도차익 상당액을 위 주식의 압축기장충당금으로 계상하여 손금산입하고 해당 주식의 처분 시까지 법인세 과세를 이연한다[구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조 제1항, 제46조 제1항, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제83조 제1항, 제2항]. 그리고 이러한 요건을 갖춘 분할의 경우에는 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급으로 보지 않는다[구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제6조 제6항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항].
위와 같은 물적분할에 대한 과세이연 규정은 1998. 12. 28. 법인세법 전부 개정으로 합병·분할 등 기업조직재편 세제를 도입할 때 마련된 것으로서, 회사가 기존 사업의 일부를 별도의 완전 자회사로 분리하는 조직형태의 변화가 있었으나 지분관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없는 때에는 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 회사분할을 통한 기업구조조정을 지원하기 위한 취지이다. 아래에서 보는 구 법인세법령의 개별 요건들은 이러한 실질적 동일성 기준을 구체화한 것이다.
물적분할은 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로서, 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계되고, 분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계받은 사업을 계속 영위하며, 분할법인이 받은 분할대가의 전액이 분할신설법인의 주식인 경우 위 과세이연 규정이 적용된다.
여기서 ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문’이라는 요건(구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호)은 기능적 관점에서 분할 이후 기존의 사업활동을 독립하여 영위할 수 있는 사업부문이 분할되어야 함을 뜻한다. 독립된 사업활동이 불가능한 개별 자산만을 이전하여 사실상 양도차익을 실현한 것에 불과한 경우와 구별하기 위함이다. 독립적으로 사업이 가능하다면 단일 사업부문의 일부를 분할하는 것도 가능하다.
‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’이라는 요건(구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호)은 위 독립된 사업부문 요건을 보완하는 것으로서, 해당 사업활동에 필요한 자산·부채가 분할신설법인에 한꺼번에 이전되어야 함을 뜻한다. 다른 사업부문에 공동으로 사용되는 자산·부채 등과 같이 분할하기 어려운 것은 승계되지 않더라도 기업의 실질적 동일성을 해치지 않는다.
‘승계받은 사업을 계속 영위할 것’이라는 요건(구 법인세법 제46조 제1항 제3호)은 분할 전후 사업의 실질적 동일성이 유지되도록 하는 것으로서, 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일 전에 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 사업의 폐지와 다름없다고 본다(구 법인세법 시행령 제83조 제4항, 제80조 제3항). 처분 또는 직접 사용 여부는 입법 취지와 해당 사업 내용을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다.
‘분할대가 전액이 주식’이어야 한다는 요건(구 법인세법 제47조 제1항 괄호 안, 제46조 제1항 제2호)은 분할법인이 분할되는 사업부문의 자산·부채를 분할신설법인으로 이전하는 대가로 분할신설법인 주식만을 취득하여야 한다는 것으로서, 지분관계의 계속성을 정한 것이다.
[2] 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 비용인 자본적 지출은 그 지출이 이루어진 사업연도의 비용으로 되지 않고 취득원가에 합쳐서 감가상각의 대상이 될 뿐이며[구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제31조 제1항, 제2항], 그에 관련된 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다[구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제4호, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항].

【참조조문】

[1] 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제46조 제1항, 제47조 제1항, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제80조 제3항(현행 제80조의2 제7항 참조), 제82조 제3항 제1호(현행 제82조의2 제3항 참조), 제2호(현행 제82조의2 제5항 참조), 제83조 제1항(현행 제84조 제1항 참조), 제2항(현행 제84조 제2항 참조), 제4항(현행 제82조의2 제9항 참조), 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제6조 제6항 제2호(현행 제10조 제9항 제2호 참조), 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항(현행 제23조 참조)
[2] 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제31조 제1항, 제2항, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제4호(현행 제39조 제1항 제7호 참조), 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항(현행 제80조 참조)

【참조판례】

[2] 대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결, 대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결(공2008상, 703)

【전문】

【원고, 피상고인 겸 상고인】

오씨아이 주식회사 (소송대리인 변호사 정병문 외 5인)

【피고, 상고인 겸 피상고인】

남대문세무서장 외 1인 (소송대리인 변호사 조인호 외 6인)

【원심판결】

서울고법 2016. 5. 12. 선고 2015누38414 판결

【주 문】

상고를 모두 기각한다. 상고비용은 각자가 부담한다.

【이 유】

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 
1.  사안의 개요와 쟁점 
가.  사안의 개요
(1) 원고는 2008. 5. 1. 인천공장의 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문을 기존의 다른 사업부문에서 물적 분할(이하 ‘이 사건 분할’이라고 한다)하여 주식회사 디씨알이(이하 ‘분할신설법인’이라고 한다)를 설립하고 2008. 5. 6. 분할등기를 마쳤다.
(2) 원고는 이 사건 분할이 법령상 과세이연 요건을 충족하였다고 보아, 2008 사업연도 법인세 신고를 하면서 분할로 인한 자산양도차익 약 7,485억 원 상당액을 주식의 압축기장충당금으로 계상하여 손금에 산입하고, 부가가치세법상으로도 분할에 따른 자산이전이 과세대상 재화의 공급에 해당하지 않는 것으로 처리하였다.
(3) 한편 원고는 인천공장에 오랜 기간 적치된 폐석회를 인천공장 내 유수지에 매립하고 유원지로 조성하는 공사(이하 ‘폐석회처리공사’라고 한다)를 시행하였으며, 2008 사업연도 법인세를 신고할 때 그 공사비를 통상적인 비용으로 손금처리를 하고 관련 매입세액을 2008년 1기 부가가치세 매출세액에서 공제하였다. 인천대공원의 호수를 정비하여 친환경 호수를 조성하는 공사(이하 ‘호수재정비공사’라고 한다)를 시행하고 각 부가가치세 매입세액을 2009년 2기와 2010년 1기 부가가치세 신고를 할 때 각 매출세액에서 공제하였다.
(4) 피고 남대문세무서장은, 이 사건 분할이 법령상 과세이연 요건을 충족하지 못하고 폐석회처리공사 비용을 자본적 지출로 처리해야 한다고 보아, 2013. 8. 22. 원고에게 2008 사업연도 법인세 약 3,000억 원(가산세 포함)을 경정 고지한 후 2013. 11. 11. 추가로 약 6억 4,400만 원(가산세 포함)을 증액경정 고지하였다.
(5) 피고 인천세무서장은, 이 사건 분할이 재화의 공급에 해당하여 부가가치세 과세대상이고 폐석회처리공사와 호수재정비공사의 각 비용이 토지의 자본적 지출로서 매입세액 불공제 대상이라고 보아, 원고에게 2013. 7. 5. 2008년 1기 부가가치세 약 75억 원(가산세 포함), 2013. 8. 19. 2009년 2기 부가가치세 약 1억 1,100만 원(가산세 포함), 2010년 1기 부가가치세 9억 6,800만 원(가산세 포함)을 경정 고지하였다.
(6) 원심은 폐석회처리공사에 관한 원고의 주장은 받아들이지 않은 채 이 사건 분할과 호수재정비공사에 관한 원고의 주장을 받아들여 피고들의 위 각 처분 중 해당 부분을 취소하였고, 이에 대하여 원고와 피고들이 각 패소부분에 상고하였다.
 
나.  쟁점
이 사건의 주된 쟁점은 이 사건 분할이 법령상 과세이연의 요건을 충족하는지 여부이다. 원심은 물적분할의 과세이연 요건을 충족하였다고 보았으나, 피고들은 상고이유를 통해 이를 다투고 있다. 폐석회처리공사와 호수재정비공사의 각 비용이 토지의 자본적 지출에 해당하는지와 중복세무조사 금지 원칙을 위배한 절차적 위법 여부도 쟁점이다.
 
2.  이 사건 분할의 과세이연 요건 충족 여부(피고들 상고이유 제1점 내지 제7점)에 관하여 
가.  분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득하는 경우로서 일정한 법령상 요건을 충족한 때에는 분할법인의 자산양도차익 상당액을 위 주식의 압축기장충당금으로 계상하여 손금산입하고 해당 주식의 처분 시까지 법인세 과세를 이연한다[구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조 제1항, 제46조 제1항, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제83조 제1항, 제2항]. 그리고 이러한 요건을 갖춘 분할의 경우에는 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급으로 보지 않는다[구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제6항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항].
위와 같은 물적분할에 대한 과세이연 규정은 1998. 12. 28. 법인세법 전부 개정으로 합병·분할 등 기업조직재편 세제를 도입할 때 마련된 것으로서, 회사가 기존 사업의 일부를 별도의 완전 자회사로 분리하는 조직형태의 변화가 있었으나 지분관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없는 때에는 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 회사분할을 통한 기업구조조정을 지원하기 위한 취지이다. 아래에서 보는 구 법인세법령의 개별 요건들은 이러한 실질적 동일성 기준을 구체화한 것이다.
물적분할은 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로서, 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계되고, 분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계받은 사업을 계속 영위하며, 분할법인이 받은 분할대가의 전액이 분할신설법인의 주식인 경우 위 과세이연 규정이 적용된다.
여기서 ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문’이라는 요건(구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호)은 기능적 관점에서 분할 이후 기존의 사업활동을 독립하여 영위할 수 있는 사업부문이 분할되어야 함을 뜻한다. 독립된 사업활동이 불가능한 개별 자산만을 이전하여 사실상 양도차익을 실현한 것에 불과한 경우와 구별하기 위함이다. 독립적으로 사업이 가능하다면 단일 사업부문의 일부를 분할하는 것도 가능하다.
‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’이라는 요건(구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호)은 위 독립된 사업부문 요건을 보완하는 것으로서, 해당 사업활동에 필요한 자산·부채가 분할신설법인에 한꺼번에 이전되어야 함을 뜻한다. 다른 사업부문에 공동으로 사용되는 자산·부채 등과 같이 분할하기 어려운 것은 승계되지 않더라도 기업의 실질적 동일성을 해치지 않는다.
‘승계받은 사업을 계속 영위할 것’이라는 요건(구 법인세법 제46조 제1항 제3호)은 분할 전후 사업의 실질적 동일성이 유지되도록 하는 것으로서, 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일 전에 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 사업의 폐지와 다름없다고 본다(구 법인세법 시행령 제83조 제4항, 제80조 제3항). 처분 또는 직접 사용 여부는 입법 취지와 해당 사업 내용을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다.
‘분할대가 전액이 주식’이어야 한다는 요건(구 법인세법 제47조 제1항 괄호 안, 제46조 제1항 제2호)은 분할법인이 분할되는 사업부문의 자산·부채를 분할신설법인으로 이전하는 대가로 분할신설법인 주식만을 취득하여야 한다는 것으로서, 지분관계의 계속성을 정한 것이다.
 
나.  앞서 본 법리에 비추어 원심 판시의 사실관계를 살펴보면, 이 사건 분할은 아래에서 보듯이 조직형태의 변화가 있을 뿐 기업의 실질적인 동일성은 계속 유지되어 구 법인세법령에 정한 과세이연 요건을 모두 충족한 것으로 봄이 타당하다.
(1) 원고의 인천공장 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문은 기존의 다른 사업부문에서 독립하여 사업활동의 영위가 충분히 가능한 사업부문이다. 이들 사업부문의 내용과 기능적 특성상 기존 사업부문의 종업원들이 일부를 제외하고 분할신설법인으로 옮겨가지 않았다는 점을 들어 독립된 사업부문의 분할이 아니라고 할 수 없다.
(2) 분할신설법인은 폐석회처리공사 관련 채무를 포함하여 분할되는 사업부문에 관련된 권리·의무를 포괄 승계하였다. 인천공장 부지를 담보로 한 차입금 채무는 원고의 다른 사업 부문에도 공통적으로 관련된 것으로서 그중 회사채 상환, 법인세 납부 등에 사용될 일부를 제외한 나머지만을 분할신설법인에 승계시킨 것을 요건 불비로 보기 어렵다.
(3) 분할신설법인은 승계한 고정자산을 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문에 실제 사용하였고, 그 사용 방식에 있어 업무위탁을 하였다고 하여 달리 볼 수 없다. 또한 분할신설법인이 승계한 사업을 계속하면서 금융기관 대출채무를 담보하기 위하여 신탁등기를 설정한 것이 법인세법령상 승계사업의 폐지로 간주되는 고정자산의 처분에 해당한다고 보기도 어렵다.
(4) 원고는 분할계약에 따라 분할의 대가로 분할신설법인의 주식만을 받았다. 분할 직전에 대출받은 차입금 중 일부가 분할신설법인에 승계되지 않았다는 사정은 위에서 본 권리·의무의 포괄승계 요건과 관련하여 검토될 내용일 뿐 분할대가와는 아무런 관련이 없다.
 
다.  따라서 이 부분 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 구 법인세법상 물적분할로 인한 자산양도차익 상당액의 손금산입, 구 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않는 분할에 관한 법리오해 등 위법은 없다.
 
3.  폐석회처리공사와 호수재정비공사의 각 비용이 토지의 자본적 지출인지 여부(원고 상고이유 제2점과 피고들 상고이유 제8점)에 관하여
토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용인 자본적 지출(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 등 참조)은 그 지출이 이루어진 사업연도의 비용으로 되지 않고 취득원가에 합쳐서 감가상각의 대상이 될 뿐이며(구 법인세법 시행령 제31조 제1항, 제2항), 그에 관련된 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다(구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항).
원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 폐석회처리공사는 택지 조성 등 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 그 비용이 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당하지만, 호수재정비공사는 인천공장 부지의 가치를 증가시켰다고 보기 어려우므로 그 비용이 자본적 지출에 해당하지 않는다고 판단하였다.
원심의 위와 같은 판단은 앞서 본 법리에 기초한 것으로서, 토지의 자본적 지출에 관한 법리오해 등 쌍방의 각 상고이유 주장과 같은 잘못이 없다.
 
4.  중복세무조사 금지 원칙 위배 여부(원고 상고이유 제1점)에 관하여
세무공무원은 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없고, 다만 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 심사청구 등 처분결정에 따른 재조사를 하는 경우, 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사 등 법령에서 정한 예외적인 경우에 한하여 재조사가 허용된다[구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항, 구 국세기본법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것) 제63조의2].
원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 2013년 실시한 세무조사에서 그 대상을 2008 사업연도 등에 확대한 것은 인천광역시 남구청장이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 서울지방국세청장에 제공한 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사 등에 해당하여 금지되는 중복세무조사에 해당하지 않는다고 판단하였다.
법령 규정의 내용과 관련 법리에 비추어 볼 때, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 중복세무조사가 허용되는 예외사유에 관한 법리오해의 위법은 없다.
 
5.  결론
그러므로 상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자들 각자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.